Le "infezioni" più classiche (che poi sono il risultato di hackeraggi ai danni del server) sono l'inserimento di pezzi di javascript (di solito i file index.php o index.html sono quelli presi maggiormente di mira).
"Basta" guardare il file e se si vede qualcosa che non si sa cosa sia o che appare "strano" chiedere.

Di solito comunque se visiti la home e il tuo antivirus ti indica un virus potrebbe essere un'indicazione, ma c'è sempre la possibilità di un falso positivo...