Io mi chiedo perchè volete per forza fare modifiche che nemmeno voi capite, col il rischio solo di distruggere il regolare funzionamento..
Semplice, vogliamo solo rimuovere l'index.php, non ci vedo nulla di male o di chissà cosa nel volerlo rimuovere.
Se dai un'occhiata
qui noterai che vi sono anche molti altri utenti a voler apportare tale modifica.