Non son sicuro di aver capito il "secondo approccio": in pratica faresti l'installazione manuale sul secondo tema senza toccare quella automatica del primo?
Il "terzo approccio" non son sicuro sia così "comodo": dovresti definire il percorso esatto al tema a partire dalla tua board e dovresti farlo anche per i file di lingua...
Ad ogni modo credo che il secondo potrebbe essere il più comodo dei 3 perché se ci sono da aggiungere file da qualche parte se ne occupa il package manager, mentre a te restano da modificare/aggiungere solo i file del template e quelli di lingua.
Se non pensi di fare moltissime modifiche "strutturali", puoi provare con l'approccio che ho usato io: ho creato un mod che mi modifica il tema di default introducendo le modifiche che voglio, in questo modo nel secondo tema (quello "principale"), ci sono solo i file css e le immagini, mentre i file php sono solo quelli del tema di default di SMF e quando applico un mod questo viene di fatto applicato ad entrambi i temi!
