Puoi provare ad alzare il valore massimo di upload nel file php.ini che di norma è limitato a soli 2MB.
Ovviamente se lo alzi troppo rischi di esaurire le risorse, prova magari a spezzattarlo in due o tre volte ;-)
Se hai un accesso SSH sul tuo server e l' accesso al MySQL locale, fai un dump che è più veloce

FaSan